Семиступенчатая коробка передач также была разработана специально для этой модели. В ее создании марке помогала CIMA, компания, производившая шестиступенчатые коробки передач для предыдущих моделей. В данном случае в коробке используется два типа сцепления: традиционное сухое двухдисковое и гидравлическое с масляной ванной.
Параллельная работа двух сцеплений позволяет совершать переключение передач чрезвычайно быстро. В сравнении с обычной коробкой с двойным сцеплением коробка Agera получилась компактнее, меньше, имеет меньше подвижных частей и ни на мгновение не прерывает разгона при переключении передач. Это самая легкая в мире семиступенчатая коробка передач. Ее можно использовать в секвентальном режиме, переключая передачи подрулевыми лепестками, или полностью автоматическом.
На задней оси Agera установлен электронно управляемый дифференциал, сходный с e-Diff, используемым Ferrari. В данном случае, правда, электроника работает в паре с механическим дифференциалом повышенного трения, что позволяет избежать любого рода задержек и делает его срабатывание быстрее, чем у любой другой системы такого типа. Электронный блок управления дифференциалом разработан самой маркой.
Он анализирует продольное ускорение автомобиля, поперечные ускорения, угол руля, наклон кузова, скорость автомобиля, обороты двигателя, включенную передачу и условия окружающей среды и на основании этих данных определяет, как и когда нужно включиться. Система включает в себя контроль тяги, который приспосабливается подтип вождения и обеспечивает стабильную тягу в любой момент (водитель может выбирать между пятью режимами), а также электронный контроль устойчивости, который можно отключить.
Кроме того, на нем установлена АБС последнего поколения, которая меняет алгоритм работы в зависимости от выбранного режима движения и может полностью отключаться на гоночной трассе.